Cäcilie Wendt stammte aus einer Familie in Troppau, die sich für Rechte von Frauen stark einsetzte. Sie erhielt zunächst Privatunterricht und legte die Maturaprüfung ab. An der Universität Wien war sie eine der ersten immatrikulierten Frauen und belegte Mathematik und Physik. Am 19. Juni 1900 promovierte sie zum Doktor der Philosophie im Fach Mathematik. Anschließend war sie als Lehrerin im ersten Mädchengymnasium Wiens tätig und publizierte gemeinsam mit Kolleg_innen des Physik-Instituts zu verschiedenen Fachthemen.
